Pada 16 Maret 1950 diumumkan, bahwa “Yang Kudus, Tuhan kami berkenan mendirikan Internunsiatur Apostolik di Jakarta dalam Republik Indonesia Serikat, lalu menyetujui pula, bahwa pada saat yang sama itu, untuk mengangkat sebagai Internunsius Yang Mulia Mgr. Georges de Jonghe d’Ardoye, Uskup Agung Tituler Misthia” (L’Osservatore Romano, 17 Maret 1950).

Pada tanggal 1 Juni 1966, gedung baru Nunsiatur Apostolik diresmikan. Pendirian gedung baru Perwakilan Kepausan diawali oleh Uskup Agung de Liva pada Oktober 1964 dan dilaksanakan sesuai rancangan arsitek Jerman Hermann Bohnekamp. Pembukaan resmi gedung baru berlangsung pada 29 Juni 1966 dan dihadiri Presiden Soekarno. Pada 7 Desember 1966, Internunsiatur di Indonesia diangkat menjadi setingkat Nunsiatur Apostolik. Pada tanggal yang sama Uskup Agung Salvatore Pappalardo diangkat menjadi Pro-Nunsius Apostolik di Indonesia.

Dari 2007 sampai 2010 restorasi dan pembangunan rumah doa baru dilaksanakan. Pada 11 Oktober 2009 Uskup Agung Leopoldo Girreli meresmikan kapel baru ‘Kedua Belas Rasul’.

Sejak penunjukan Uskup Agung Piero Pioppo pada tahun 2017, Nunsiatur Apostolik di Jakarta telah melakukan renovasi dan pembaharuan lanjutan. Upaya ini tidak hanya menambah keindahan kediaman tersebut sebagai rumah Perwakilan Paus, tapi juga mempersiapkannya untuk menyambut kedatangan Bapa Suci yang sangat penting pada September 2024.